Хосе Мари Бакеро стана помощник-треньор на Валенсия. Големият приятел на Христо Стоичков ще асистира на бившия си съотборник в Барселона Роналд Куман, който пое тима преди седмица.
След края на състезателната си кариера 44-годишния Бакеро бе помощник-треньор в Барселона най-напред на Лоренсо Сера Ферер, а после и на Луис ван Гаал, а през сезон 2004/2005 година бе наставник на втория отбор на Малага.
През 2005 година бе спортен директор на Реал Сосиедад, а от март 2006 година пое и треньорския пост на тима, като спаси отбора от изпадане. В края на 2006 година Хосе Мари Бакеро бе освободен от баския клуб.