Президентът на Марсилия Венсан Лабрюн одобри за нов клубен треньор Ели Боп. Новият наставник замина при футболистите на отбора които се намират на стаж в швейцарския курорт Кранс Монтана.
57-годишния Боп започва треньорската си кариера през 1982 в Кастелодре,където се подвизава до 1984 година. След това от 1984 до 1991 година е треньор в младежката формация на Тулуза. От 1991 до 1994 година е наставник пак в младежка формация. Този път на Сент Етиен. От 1994 до 1996 е старши -треньор на мъжкия отбор на Сент Етиен. От 1997 година е помощник -треньор на Бордо. В периода от 1998 до 2003 е старши -треньор на „жирондинците".
През 1999 година става шампион с Бордо по любопитен начин за сметка на сегашния си отбор Марсилия. В последния кръг Марсилия побеждава Нант като гост. Отборът на Бордо гостува на врага на марсилци - ПСЖ. Резултатът на „Парк де Пренс" почти до края е 2:2 и това дава титлата на Марсилия. В края на мача обаче парижани пускат играча на Бордо Паскал Фейндуно да вкара за 3:2 за гостите. От 2004 до 2008 Боп отново е треньор на Сент Етиен.
От 2006 до 2008 е наставник на Тулуза. Той води френския отбор в злополучния за ЦСКА мач на „Армията" в двубой за влизане в групите на Лига Европа през есента на 2007 година, когато треньор на „армейците" е сегашния наставник Стойчо Младенов.
След 0:0 в Тулуза, „армейците" водят с 1:0 до 96-ата минута, когато след необмислено хвърлен тъч от Данчо Тодоров топката попада във вратаря на гостите, който я изстрелва и след меле в наказателното поле на ЦСКА Андре-Пиер Жиняк вкарва за 1:1, след което „червените" са елиминирани. Жиняк в момента е играч на Марсилия.
От 2008 до 2009 Боп е треньор на Нант.На 4 юли 2012 Ели Боп официално е назначен за треньор на Марсилия.
